Thông tư số 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT

Điều 16. Thẩm định hồ sơ hoàn thuế

1. Cơ quan thuế tổ chức thẩm định hồ sơ hoàn thuế đối với: Phiếu đề xuất hoàn thuế, dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước), Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có) trước khi ban hành Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước).

Thời hạn hoàn thành việc thẩm định hoàn thuế là: 01 (một) ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 03 (ba) ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau kể từ thời điểm tiếp nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị thẩm định.

2. Cục Thuế thực hiện thẩm định về thủ tục hoàn thuế, hồ sơ hoàn thuế, đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, thẩm quyền ban hành quyết định hoàn thuế và nội dung khác có liên quan.

a) Trường hợp qua thẩm định phát hiện vấn đề chưa rõ, chưa đầy đủ, cơ quan thuế phải tổ chức trao đổi, làm rõ giữa các bộ phận liên quan đến giải quyết hồ sơ hoàn thuế để thống nhất các nội dung liên quan đến thẩm định hoàn thuế trong thời hạn thẩm định hồ sơ hoàn thuế; hoặc từ chối thẩm định hồ sơ hoàn thuế đối với hồ sơ chưa đầy đủ, chưa cập nhật vào Hệ thống ứng dụng quản lý thuế theo quy định tại Điều 15 Thông tư này.

b) Trường hợp kết quả thẩm định xác định thủ tục hoàn thuế, hồ sơ hoàn thuế, đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, thẩm quyền ban hành quyết định hoàn thuế phù hợp với quy định, cơ quan thuế thực hiện cập nhật kết quả thẩm định hoàn thuế giá trị gia tăng vào Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

Điều 17. Giám sát hồ sơ hoàn thuế

1. Căn cứ quy định nghiệp vụ về quản lý thuế, quy trình hoàn thuế, cơ sở dữ liệu về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng, Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế xây dựng hệ thống giám sát tự động việc giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan thuế phù hợp với từng giai đoạn hiện đại hoá hệ thống quản lý thuế đảm bảo đầy đủ, chính xác, đúng quy định về quản lý thuế.

2. Tổng cục Thuế thực hiện giám sát tự động đối với hồ sơ hoàn thuế trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế. Trong quá trình giám sát, trường hợp Hệ thống ứng dụng quản lý thuế xác định hồ sơ không đảm bảo các điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Hệ thống ứng dụng quản lý thuế tự động thông báo rõ lý do và công việc phải thực hiện tiếp theo để Cục Thuế căn cứ thực hiện hoặc thông báo cho người nộp thuế thực hiện.

3. Kết quả giám sát phải được cập nhật tự động vào Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

Điều 18. Ban hành quyết định hoàn thuế

1. Căn cứ kết quả thẩm định và giám sát hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 16, Điều 17 Thông tư này, Cục trưởng Cục Thuế xem xét ký ban hành Quyết định hoàn thuế (theo mẫu số 01/QĐ-HT)/ Quyết định hoàn kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước (theo mẫu số 02/QĐ-HT), Thông báo về việc không được hoàn thuế (theo mẫu số 02/HT-TB) quy định tại Thông tư 156/2013/TT-BTC. Cục trưởng Cục Thuế chịu trách nhiệm về quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

2. Thời hạn ban hành Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước chậm nhất không quá 06 (sáu) ngày làm việc đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 40 (bốn mươi) ngày đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế.

3. Quyết định hoàn thuế được gửi cho người nộp thuế, cơ quan, tổ chức có liên quan. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế theo quy định tại Điều 28 Thông tư 110/2015/TT-BTC.

Điều 19. Chi hoàn thuế cho người nộp thuế

1. Căn cứ Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước, Cục Thuế thực hiện lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước ban hành kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC hướng dẫn thực hiện kế toán nhà nước áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và nghiệp vụ Kho bạc ngày 10/1/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính về việc đính chính Thông tư số 08/2013/TT-BTC), gửi Kho bạc nhà nước cấp tỉnh kèm theo Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước.

Trường hợp người nộp thuế bù trừ số thuế được hoàn với số tiền thuế nợ của người nộp thuế khác theo quy định tại khoản 3, khoản 5 Điều 14 Thông tư này, cơ quan thuế lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước, trong đó ghi thông tin: tên người nộp thuế, mã số thuế của người nộp thuế được bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước để Kho bạc Nhà nước có căn cứ hạch toán thu ngân sách nhà nước.

2. Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh tiếp nhận Quyết định hoàn thuế và Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước và Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước) do Cục Thuế gửi đến, thực hiện các nội dung sau:

a) Đối chiếu Quyết định hoàn thuế và Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước và Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước), đảm bảo thống nhất thông tin về số tiền, tên người nộp thuế được nhận tiền hoàn thuế, địa chỉ ngân hàng, thông tin về tài khoản và ngân hàng; thông tin hạch toán thu ngân sách nhà nước.

b) Kiểm tra tính hợp pháp của Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước đảm bảo khớp đúng mẫu dấu, chữ ký (hoặc kiểm tra việc xác thực thành công chữ ký điện tử bằng hệ thống thông tin của Kho bạc Nhà nước) .

c) Thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế trong thời hạn chậm nhất 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận được Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước do cơ quan thuế chuyển đến.

3. Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh luân chuyển các liên chứng từ Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Thông tư số 08/2013/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn thực hiện cho cơ quan thuế đồng cấp ngay trong ngày hạch toán hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo liền kề.

Trường hợp cơ quan thuế, Kho bạc Nhà nước đã thực hiện trao đổi thông tin hạch toán hoàn thuế, hạch toán thu ngân sách nhà nước bằng phương thức điện tử thì thực hiện theo quy định về giao dịch điện tử của Tổng cục Thuế và Kho bạc Nhà nước.

Điều 20. Công khai thông tin giải quyết hoàn thuế

1. Người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử được tra cứu thông tin về việc giải quyết hoàn thuế của cơ quan thuế theo quy định tại Thông tư số 110/2013/TT-BTC.

2. Cơ quan thuế công khai trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế về:

­- Thời điểm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế; thời điểm tiếp nhận văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của người nộp thuế.

– Thời điểm ban hành thông báo, quyết định giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan thuế.

Điều 21. Kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với người nộp thuế

1. Cơ quan thuế lập kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế và thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế theo quy định của khoản 18 Điều 1 Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13.

2. Cơ quan thuế căn cứ kết quả đánh giá rủi ro quy định tại Điều 6 Thông tư này, lựa chọn hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau có dấu hiệu rủi ro cao để bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế trong năm và thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đảm bảo theo đúng thời hạn được quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13.

3. Căn cứ kết quả kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế, trường hợp phát hiện số thuế đã hoàn chưa đúng quy định, cơ quan thuế ban hành Quyết định để thu hồi số tiền thuế đã hoàn cho người nộp thuế, xử phạt vi phạm, tính tiền chậm nộp theo quy định.

Chương III

QUẢN LÝ KINH PHÍ HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Điều 22. Lập dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng được lập theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế, Luật Ngân sách nhà nước.

Quy trình, mẫu biểu lập dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng được thực hiện theo quy định về lập dự toán ngân sách nhà nước.

2. Cục Thuế có trách nhiệm lập dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc phạm vi quản lý hoàn thuế trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Căn cứ dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng của các Cục Thuế, Tổng cục Thuế lập dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng trên phạm vi toàn quốc.

3. Trong quá trình thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nộp thuế, nếu phát sinh số thuế giá trị gia tăng phải hoàn vượt nguồn kinh phí đã bố trí trong dự toán đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Tổng cục Thuế báo cáo Bộ trưởng Bộ Tài chính theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước.

Điều 23. Quản lý, điều hành nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Tổng cục Thuế quản lý, điều hành nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng, định kỳ tháng, quý (chậm nhất ngày 10 tháng tiếp theo liền kề), tổng hợp số tiền đã chi hoàn thuế giá trị gia tăng, số tiền thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng trên phạm vi toàn quốc và xác định dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng còn được sử dụng.

2. Tổng cục Thuế tổ chức công tác thông tin, báo cáo định kỳ về việc quản lý sử dụng kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng trên cơ sở hệ thống thông tin quản lý thuế thống nhất toàn quốc. Hàng tháng, quý thực hiện dự báo số thuế giá trị gia tăng phải hoàn trên phạm vi toàn quốc để theo dõi, điều hành công tác hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng hàng năm được quản lý, sử dụng theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước.

Điều 24. Hạch toán kế toán hoàn thuế giá trị gia tăng tại Kho bạc Nhà nước

1. Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh thực hiện hạch toán, kế toán hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định về kế toán ngân sách nhà nước hiện hành.

Định kỳ tháng, năm Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh đối chiếu, xác nhận báo cáo kế toán hoàn thuế giá trị gia tăng với cơ quan thuế đồng cấp theo quy định.

2. Định kỳ tháng, năm, ngay sau khi khoá sổ kế toán, Kho bạc Nhà nước cung cấp số liệu về tình hình thực hiện chi hoàn thuế giá trị gia tăng tại từng tỉnh, thành phố và trong phạm vi toàn quốc cho Tổng cục Thuế để theo dõi, đối chiếu và quản lý dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng.

Điều 25. Hạch toán thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Số tiền thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng nộp trong năm ngân sách nào thì được hạch toán giảm chi hoàn thuế giá trị gia tăng của năm ngân sách đó.

2. Cuối ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo, Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh gửi Bảng kê chứng từ thu hồi hoàn thuế đã hạch toán (trường hợp trao đổi thông tin điện tử) hoặc chứng từ thu hồi hoàn thuế đã hạch toán (trường hợp trao đổi thông tin bằng giấy) cho cơ quan thuế đồng cấp để thực hiện hạch toán kế toán thuế nội địa. Kho bạc Nhà nước đối chiếu, xác nhận báo cáo kế toán thu hồi hoàn thuế cho cơ quan thuế đồng cấp theo quy định.

3. Định kỳ hàng tháng, năm, ngay sau khi khoá sổ kế toán, Kho bạc Nhà nước cung cấp số liệu về tình hình thực hiện thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng tại từng tỉnh, thành phố và trong phạm vi toàn quốc cho Tổng cục Thuế để theo dõi, đối chiếu và quản lý dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng.

Điều 26. Quyết toán nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Tổng cục Thuế có trách nhiệm quyết toán nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng theo dự toán đã được Quốc hội thông qua.

2. Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế có trách nhiệm tổ chức công tác kế toán hoàn thuế giá trị gia tăng tại cơ quan thuế các cấp theo quy định, hướng dẫn Cục Thuế thực hiện quyết toán chi hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Kết thúc năm ngân sách và sau thời gian chỉnh lý ngân sách, Tổng cục Thuế thực hiện quyết toán việc sử dụng nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng, có xác nhận của Kho bạc Nhà nước và Vụ Ngân sách Nhà nước để tổng hợp quyết toán ngân sách nhà nước theo quy định.