Thông tư số 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT

Điều 8. Áp dụng biện pháp nghiệp vụ quản lý hoàn thuế đối với một số trường hợp rủi ro cao về thuế

1. Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế mua hàng hóa, dịch vụ của người nộp thuế khác (bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ) có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, cơ quan thuế phải bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ; hoặc đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ bổ sung kế hoạch và thực hiện kiểm tra, thanh tra hoặc cung cấp thông tin về việc chấp hành pháp luật thuế của bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ để có căn cứ giải quyết hoàn thuế.

2. Trường hợp người nộp thuế có giao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ quan thanh tra, giám sát ngân hàng; hoặc qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có chứng từ thanh toán qua ngân hàng có nội dung chưa đầy đủ, chưa đúng quy định:

a) Cơ quan thuế có văn bản yêu cầu tổ chức tín dụng, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán có liên quan cung cấp thông tin (bao gồm cả sổ phụ tài khoản) của người trả (hoặc chuyển) tiền, người thụ hưởng số tiền trên chứng từ (hoặc cá nhân liên quan đến người thụ hưởng) để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng;

b) Cơ quan thuế có văn bản đề nghị cơ quan hải quan cửa khẩu cung cấp thông tin về lượng tiền mặt (ngoại tệ hoặc đồng Việt Nam) mang qua cửa khẩu vào Việt Nam trong thời hạn 5 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị của cơ quan thuế để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền theo quy định.

3. Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để xử lý theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự.

4. Quá thời hạn kiểm tra, thanh tra thuế nhưng cơ quan thuế chưa nhận được kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan nêu tại Điều này thì:

a) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế kiểm tra xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế đề nghị hoàn thì xử lý như sau:

– Nếu số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ điều kiện được hoàn.

– Nếu số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.

Trường hợp cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.

b) Trường hợp kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế, cơ quan thuế phải kết thúc kiểm tra, thanh tra đúng thời hạn quy định. Đối với số tiền thuế đã hoàn đang chờ kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan thuế phải nêu rõ trong biên bản kiểm tra, kết luận thanh tra về việc chưa đủ căn cứ kết luận số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế. Khi có kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan thuế xác định số tiền thuế đã hoàn không đủ điều kiện hoàn thuế thì có quyết định thu hồi số thuế đã hoàn và xử phạt người nộp thuế theo quy định của pháp luật.

Điều 9. Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế.

2. Cục Thuế có trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, bao gồm: phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; đề xuất hoàn thuế; thẩm định hồ sơ hoàn thuế; ban hành quyết định hoàn thuế; thực hiện chi hoàn thuế cho người nộp thuế trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều này.

3. Chi cục Thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế trực thuộc các Cục Thuế thành phố Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh, tỉnh Bình Dương, tỉnh Đồng Nai được thực hiện các công việc sau: phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; đề xuất số tiền được hoàn thuế trước khi chuyển hồ sơ gửi Cục Thuế thực hiện thẩm định hồ sơ hoàn thuế; ban hành quyết định hoàn thuế; thực hiện chi hoàn thuế cho người nộp thuế.

Chương II

QUY TRÌNH GIẢI QUYẾT HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Điều 10. Lập và gửi hồ sơ hoàn thuế

1. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng gồm:

– Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư hướng dẫn Luật Quản lý thuế số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính) (sau đây gọi là Thông tư số 156/2013/TT-BTC).

– Các tài liệu khác theo quy định tại các điều từ Điều 50 đến Điều 56 (trừ Điều 53) của Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

2. Người nộp thuế là doanh nghiệp, tổ chức đáp ứng đầy đủ các điều kiện về khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng và pháp luật về quản lý thuế, lập và gửi hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế.

Chi nhánh, đơn vị phụ thuộc của người nộp thuế theo quy định tại Khoản 1 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13 và không phải là đơn vị kế toán lập báo cáo tài chính theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Luật Kế toán số 88/2015/QH13, khi đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng phải có văn bản ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính theo quy định của pháp luật về uỷ quyền.

3. Người nộp thuế được gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính. Cụ thể:

a) Người nộp thuế gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế kể từ thời điểm cơ quan thuế chấp nhận giao dịch hoàn thuế điện tử theo quy định tại Thông tư số 110/2015/TT-BTC ngày 28/7/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế (sau đây gọi là Thông tư số 110/2015/TT-BTC).

b) Người nộp thuế gửi trực tiếp hồ sơ hoàn thuế bằng giấy hoặc gửi qua đường bưu chính đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế.

4. Người nộp thuế đã gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế nhưng sau đó có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế thì người nộp thuế được khai điều chỉnh, bổ sung số thuế đề nghị hoàn chuyển khấu trừ tiếp vào tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ kê khai tiếp theo kể từ thời điểm có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế, nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng.

Điều 11. Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

1. Nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử

a) Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử của người nộp thuế.

b) Hệ thống ứng dụng quản lý thuế tự động ghi nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử của người nộp thuế và chuyển đến cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều 9 Thông tư này; đồng thời gửi Thông báo xác nhận nộp hồ sơ hoàn thuế điện tử (mẫu số 01/TB-TĐT ban hành kèm theo Thông tư số 110/2015/TT-BTC) cho người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

2. Nhận hồ sơ hoàn thuế bằng giấy

a) Hồ sơ nộp trực tiếp tại cơ quan thuế:

Bộ phận “một cửa” của cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế nhận hồ sơ hoàn thuế, kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ theo quy định. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, bộ phận “một cửa” thông báo, hướng dẫn người nộp thuế để hoàn chỉnh hồ sơ. Trường hợp hồ sơ đầy đủ, bộ phận “một cửa” ghi sổ nhận hồ sơ hoàn thuế trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

b) Hồ sơ nộp qua đường bưu chính:

Bộ phận hành chính văn thư của cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế nhận hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, ghi sổ văn thư theo quy định, chuyển bộ phận “một cửa” để xử lý theo quy định tại điểm a khoản này.

c) Chi cục Thuế gửi hồ sơ hoàn thuế cho Cục Thuế có trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Thông tư này ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo liền kề trừ trường hợp quy định tại điểm d khoản này.

d) Đối với Chi cục Thuế trực tiếp giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Khoản 3 Điều 9 Thông tư này: bộ phận “một cửa” chuyển hồ sơ hoàn thuế cho bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế của Chi cục Thuế ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo liền kề.

3. Thời điểm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế điện tử: là ngày ghi trên Thông báo xác nhận nộp hồ sơ hoàn thuế điện tử quy định tại điểm b, Khoản 1 Điều này.

b) Đối với hồ sơ được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính: là ngày nộp hồ sơ hoàn thuế được xác định theo hướng dẫn tại Điểm b và Điểm c Khoản 1 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC.